Η πρώτη αναφορά στο όνομα Οινούσσα έγινε από τον Εκαταίο το 500 π.χ. Αναφορές γίνονται επίσης από τον Ηρόδοτο και τον Θουκυδίδη. Η ετοιμολογία του ονόματος κατά πολλούς προέρχεται από τη λέξη οίνος. Τα νησιά έμειναν ακατοίκητα έως το 1346 όταν τα κατέλαβαν οι Γενοβέζοι. Η Οινούσσα κατοικήθηκε στις αρχές του 16ου αιώνα και το 1569 κατέλαβαν τα νησιά οι Τούρκοι. Το 1675 πέρασαν στην κυριαρχία των Βενετών. Το νησί ερημώθηκε από Σαρακηνούς πειρατές και μετά, γύρω στο 1750, αποικίστηκε από κτηνοτρόφους της Βόρειας Χίου, που εγκαταστάθηκαν στον πρώτο οικισμό, το Καστρί.

Μετά την καταστροφή της Χίου το 1822, πολλοί Οινουσσιώτες εγκατέλειψαν το νησί τους και κατέφυγαν στη Σύρο όπου ήρθαν σε επαφή με επαγγέλματα της θάλασσας. Έτσι, όταν επέστρεψαν στην πατρίδα τους γύρω στο 1827, άρχισαν τη μεταφορά εμπορευμάτων, πρώτων υλών και ειδών διατροφής από και προς το νησί και σύντομα οι διαμετακομιστικές δραστηριότητές τους επεκτάθηκαν προς τις ακτές της Ιωνίας και τα άλλα νησιά του Αιγαίου.

Η τουρκική κυριαρχία στις Οινούσσες τερματίζεται στις 20 Νοεμβρίου 1912. Το καλοκαίρι του 1914 έρχονται στην περιοχή εκατοντάδες πρόσφυγες, πολλοί από τους οποίους μένουν εκεί μέχρι την παλινόστηση στα 1918-1919. Το 1922, εξαιτίας της Μικρασιατικής Καταστροφής, πολλοί μικρασιάτες πρόσφυγες εγκαθίστανται στο νησί, τονώνοντας σημαντικά τον πληθυσμό του. Την ίδια περίοδο οι οινουσσιώτες εφοπλιστές αρχίζουν να εγκαθίστανται στο Λονδίνο, όπου επεκτείνουν τις επιχειρηματικές δράσεις τους.

Παρά την εξολοκλήρου καταστροφή του οινουσσιώτικου στόλου κατά την διάρκεια του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, με τη λήξη του οι εφοπλιστές παραλαμβάνουν τα πλοία Liberties, που δόθηκαν τότε στη χώρα μας από την αμερικανική κυβέρνηση. Η επιτυχημένη οικονομική εκμετάλλευση αυτών, σε συνδυασμό με προσοδοφόρες νέες επενδύσεις τα επόμενα χρόνια, αύξησαν την οικονομική ευμάρεια και το κύρος των οινούσσιων επιχειρηματιών. Έτσι, παρά τις μεγάλες ναυτιλιακές κρίσεις (1974, 1983) που οδήγησαν πολλές ναυτιλιακές εταιρείες στην εξαφάνιση, οι οινουσσιώτες εφοπλιστές συνέχισαν να δραστηριοποιούνται με επιτυχία στο χώρο, διατηρώντας τη ναυτική παράδοση του τόπου τους και ενισχύοντας ποικιλοτρόπως όχι μόνο την τοπική, αλλά και το σύνολο της εθνικής οικονομίας.